Historia kościoła i budowli drewnianych

Drewniany kościółek w Komorowicach, jeden z najpiękniejszych pomników ciesiołki, rozebrany został w 1948 roku, a następnie przeniesiony na Wolę Justowską w latach 1949-1950 i postawiony na terenie przeznaczonym przez władze wojewódzkie na Muzeum Budownictwa Drewnianego "Skansen" jako zabytek, ale równocześnie kościół parafialny. Kościółek ten zbudowany został na początku XVI wieku o czym świadczył wykrój portalu prowadzącego z prezbiterium do zakrystii. Według zapisków był on w latach 1590-1601 kościołem protestantów, ponieważ dopiero w 1607 biskup Szysekowski z dziedzicami wsi przywrócił go katolikom. Kościół był kilkakrotnie odnawiany w XVIII wieku. Zbudowany był w stylu śląsko-małopolskim: nawa prostokątna, prezbiterium zakończone trzema bokami ośmioboku. Zakrystia przylegała doń od północy. Kościół budowany był na zrąb, wieża przy nawie od zachodu, budowana na słup. Dookoła soboty z kruchtami od południa i od zachodu. Prezbiterium pokryte było pozornym sklepieniem kolebkowym wciskającym się w głąb w przestrzeń dachową. Nawa północna pokryta stropem łukowo wyszalowanym. Na bogato profilowanej belce "tęczowej" wsparty był późno gotycki krucyfiks z XVI wieku. W nawie od zachodu, chór muzyczny na belkach, fazowany i wsparty na dwóch profilowanych słupach. Posadzka z płyt kamiennych (piaskowiec).
W roku 1973 w kościele nakręcono ostatnie sceny "Potopu" w reżyserii Jerzego Hoffmana.

Na tereny parafialne przeniesione zostały także inne budynki drewniane: w 1951 roku drewniana karczma z Pasieki koło Czernichowa z przełomu XVIII/XIX wieku (pełniła odtąd rolę plebanii), zaś w 1957 - spichlerz dworski z Trzyciąża koło Wolbromia, z wyrytą nad drzwiami wejściowymi datą 1764. W latach 80. XX wieku zabudowania zostały uzupełnione przez spichlerz z Soboniowic.

W nocy z 13 na 14 lipca 1978 roku pożar wywołany podpaleniem doszczętnie zniszczył kościół. Już w następnych dniach pojawiła się idea budowy nowego kościoła. Miejscowa społeczność parafialna odrzuciła jednak propozycje budowy nowoczesnej świątyni, a także wariant transferu innej zabytkowej budowli drewnianej. Parafianie życzyli sobie odbudowy "swojego" - tego właśnie - kościółka. Stało się to możliwe dzięki dokumentacji opracowanej przez p. inż. Janusza Gawora, głównie na podstawie zdjęć sprzed i z czasów transferu kościoła na Wolę Justowską. Decyzja o odbudowie została podjęta na pogorzelisku  przez ówczesnego proboszcza ks. prał. Edwarda Broszkiewicza, w obecności m.in. prof. Karola Estreichera, zasłużonego przy realizacji transferu kościoła z Komorowic. Sprawowania pieczy architektonicznej podjął się inż. J. Gawor, który doprowadził całą odbudowę do końca. Nie dane było prowadzić odbudowy ks. prałatowi E. Broszkiewiczowi, gdyż w czerwcu 1979 został on przeniesiony do Makowa Podhalańskiego, a na jego miejsce przyszedł ks. Stanisław Kolarski, który zorganizował i poprowadził prace. Kościół odbudowany został identycznie jak świątynia sprzed przeniesienia z Komorowic. Wzbogacony został też o podziemną tzw. kryptę dolną. Wyposażenie wnętrza odbudowanego kościoła nie stanowiło rekonstrukcji poprzedniego, lecz zostało dostosowane do bieżących wymogów duszpasterskich, jednak utrzymane było w stylu barokowym (ołtarz, ambona, organy). Krypta została ozdobiona rzeźbami tutejszego parafianina prof. Bronisława Chromego.

Konstrukcję drewnianą kościoła wykonała ekipa cieśli z Kościeliska, z rodu Stopków. Prace ukończyli oni na Wielkanoc 1982 roku. Wnętrze wykańczali cieśle z Orawy - rodzina Bielaków. W 1984 roku kościół poświęcił Jego Eminencja ks. kard. Franciszek Macharski.

W roku 2002 parafia obchodziła jubileusz 50-lecia erygowania. Kościół w tym roku był już całkowicie odbudowany i wyposażony.
Około godziny 2.00 w nocy z 5 na 6 kwietnia 2002 kościół ponownie spłonął. Następnego dnia ks. biskup Kazimierz Nycz odprawił Mszę świętą w pobliżu zgliszcz kościoła. Ks. proboszcz kanonik Stanisław Kolarski rozpoczął prace porządkowe oraz starania o budowę nowego kościoła. Msze odprawiane były najpierw na terenie przykościelnym, a po częściowym osuszeniu zachowanej krypty kościoła - w niej. W czerwcu 2002 ks. Kolarski został przeniesiony do pracy w innej parafii. Urząd proboszczowski objął ks. kanonik Adam Ogiegło, który przyjął obowiązek przygotowania dzieła odbudowy kościoła. W czerwcu 2006 roku złożył on jednak rezygnację a proboszczem parafii został ks. kanonik Roman Łędzki, uprzednio wieloletni wikariusz w katedrze wawelskiej.
Rada Duszpasterska wraz z ks. proboszczem Łędzkim rozpoczęła się dalsze starania o możliwość budowy kościoła większego, dostosowanego do aktualnych potrzeb parafii. Rozważano wiele koncepcji, jednak ostatecznie przyjęto plan odbudowy kościoła jako budynku murowano-drewnianego, według projektu zespołu pod kierownictwem prof. Aleksandra Böhma. Bryła kościoła miała nawiązywać wyglądem do poprzedniej świątyni, jednak z uwzględnieniem rosnących potrzeb parafian. Teren budowy oraz kamień węgielny poświęcił ks. kardynał Stanisław Dziwisz i w lutym 2016 roku ruszyły prace budowlane.
Już w następnym roku rozpoczęto krycie konstrukcji kościoła dachem. Część murowana otrzymała kamienną elewację z piaskowca. Prace nad bryłą budynku ukończono w roku 2017 i rozpoczęto prace wykończeniowe. Na belce tęczowej umieszczony został dębowy krzyż wykonany z drewna ocalałej z pożaru belki ze ściany poprzedniej świątyni. Przestrzeń dla wiernych powiększyła się o nową kondygnację poprzez stworzenie antresoli i dużego chóru. W posadzce zaznaczono drogę prowadzącą do zwężonego prezbiterium, w którym miejsce znalazł obraz Patronki parafii otrzymany od paulinów z Jasnej Góry.
30 marca 2018, po 15 latach i 364 dniach od pożaru kościoła - w czasie procesji rezurekcyjnej - na Woli znów rozbrzmiał głos dzwonu. W pracowni Macieja Felczyńskiego w Przemyślu odlane zostały dla parafii cztery dzwony o następujących imionach i wadze: św. Józef (420 kg), św. Jan Paweł II (260 kg), św. królowa Jadwiga (130 kg) i św. Faustyna (60 kg). Dzwony zostały poświęcone przez metropolitę krakowskiego ks. arcybiskupa Marka Jędraszewskiego w czasie wizytacji kanonicznej a następnie zamontowane na wieży. Otrzymały one napęd elektryczny.

8 maja 2020 roku parafia otrzymała pozwolenie na użytkowania świątyni.
W trakcie prac budowlanych przeniesiono spichlerz z Trzyciąża (mniejszy) w pobliże drewnianego budynku drewnianej karczmy, co umożliwiło wybudowanie nowej plebanii.